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4D-空間糖組學:開啟精準醫學的“糖密碼”

2025-03-26

引言








空間蛋白質組學(spatial proteomics)被Nature Methods雜志評為 “2024年度技術”,為蛋白質組學在精準醫療中的應用提供了有力的空間信息支撐。這一技術在揭示復雜組織結構方面發揮著關鍵作用,幫助我們深入了解生物分子、細胞、組織、器官和生物體如何連接、組織和發揮功能,成為推動健康與疾病研究的重要工具。


基于MALDI的質譜成像技術(MALDI-MSI)在拓展空間多組學領域的應用具有極其重要的意義,MALDI-MSI技術能夠實現生物樣本的高分辨率質譜成像,空間分辨率最高可達5μm,能夠同時檢測多種分子,包括小分子代謝物、脂質、多肽、蛋白質等。這種高分辨率和多分子檢測能力使得MALDI-MSI成為研究生物組織中分子空間分布和相互作用的強大工具。


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圖1:基于MALDI的空間多組學技術


空間糖組學作為空間蛋白質組學技術的進一步延伸,可以從空間的維度、研究蛋白質糖基化在生命活動中的重要作用,比如細胞間相互作用、信號傳導、細胞外基質組織和炎癥反應等。空間糖組學的前景誘人,但是發展較為緩慢,這主要是由于與蛋白質連接的聚糖結構的復雜性造成的。與由DNA為模板合成的蛋白質和核酸不同,聚糖的生物合成是沒有模板的,是相互關聯的生物合成途徑的產物,同時受到環境和遺傳的影響。另一方面,聚糖的化學構成/結構導致了其較低的質子親和能力,其電離效率不如同時含有正離子和負離子結構的蛋白/多肽,從而對儀器的靈敏度提出了更高的要求。

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圖2:糖基化成像技術揭示糖苷的在腫瘤組織區域的特異性


美國南卡羅萊納醫科大學的Richard Drake教授及其課題組開拓性地實現了在組織上對PNGase釋放的聚糖進行成像[1],檢測到豐富的聚糖信號,且不同聚糖的分布和病理狀態具有高度相關性。Veli?kovi?等優化了PNGase原位酶解的孵育條件,測試了各種鹽的飽和溶液對酶解產率的影響,發現在保持89%相對濕度的飽和KNO3溶液中能獲得最佳性能。最后,他們利用MALDI技術對腎切除組織切片進行質譜成像分析,在35μm的空間分辨率的情況下,實現了高達100個聚糖信號的注釋[2]。這充分顯示了MALDI質譜成像在空間糖組學研究方面的優越性,它必將成為空間糖組學的 “研究利器”。


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圖3. 直腸癌組織中6種N-糖的MALDI空間成像結果。通過MALDI成像實驗,從結直腸癌標本原位可以檢測到幾百個N-糖分子信號,其中超過100個N-聚信號與布魯克的N-聚糖數據庫相匹配。圖中的6種N-糖分子在腫瘤的區域具有顯著的高表達,其中在腫瘤細胞表面呈現高表達的是高甘露糖分子。


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圖4. 直腸癌組織的N-聚糖成像和H&E染色的共定位分析結果。m/z 2053.815對應的四元N-糖主要分布于結腸癌的粘液瘤區域,而 m/z 1688.647對應的平分型N-乙酰葡萄糖胺則主要存在于上皮隱窩細胞區域,與文獻報道結果相一致[3],而m/z 2122.810和m/z 2448.852的聚糖主要存在于腫瘤基質區域。此外,更復雜的巖藻糖基化 N-糖分子(m/z 2742.983)與典型的B細胞標記物CD20呈現出“空間共定位”的特征。

布魯克質譜空間糖組學解決方案








鑒于聚糖成像在疾病,尤其是腫瘤的發生、發展及預后研究中的重要作用,布魯克公司生命科學質譜部開發了基于MALDI成像技術的完整空間糖組學解決方案,該方案不僅包含了用于常規質譜成像的質譜儀(包括neofleX, rapifleX, MRMS, timsTOF fleX, timsTOF fleX MALDI-2等)、成像采集軟件(flexImaging)、成像數據統計分析軟件(SCiLS Lab)、糖蛋白分析軟件(Biopharma Compass)、基質噴霧儀、基質(MALDI fleXmatrix)、導電載玻片(IntelliSlides)等,為客戶迅速建立空間糖組學實驗流程提供了強有力的保障。


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圖5. 多組學與空間組學一體化平臺

參考文獻








[1] Colin T. McDowell, Xiaowei Lu, Anand S. Mehta, Peggi M. Angel, Richard R. Drake, Applications and Continued Evolution of Glycan Imaging Mass Spectrometry, Mass Spectrometry Review, 2023 42(2), 674–705

[2] Du?an Veli?kovi?*, Kumar Sharma, Theodore Alexandrov, Jeffrey B. Hodgin and Christopher R. Anderton, Controlled Humidity Levels for Fine Spatial Detail Information in Enzyme-Assisted N-Glycan MALDI MSI, J. Am. Soc. Mass Spectrom., 2022, 33(8), 1577–1580

[3] Drake RR, Powers TW, Jones EE, Bruner E, Mehta AS, Angel PM (2017), Adv Cancer Res, 134:85. https://doi.org/10.1016/bs.acr.2016.11.009.


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