凝膠遷移或電泳遷移率實驗（EMSA）是一種研究DNA結合蛋白和其相關的DNA結合序列相互作用的技術，可用于定性和定量分析。這一技術最初用于研究DNA結合蛋白，目前已用于研究RNA結合蛋白和特定的RNA序列的相互作用。

其基本原理是蛋白質可以與末端標記的核酸探針結合，電泳時這種復合物比無蛋白結合的探針在凝膠中泳動的速度慢，即表現為相對滯后。該方法可用于檢測DNA結合蛋白、RNA結合蛋白，并可通過加入特異性的抗體（supershift）來檢測特定的蛋白質，并可進行未知蛋白的鑒定。

通常將純化的蛋白和細胞粗提液和32P同位素標記的DNA或RNA探針一同保溫，在非變性的聚丙烯凝膠電泳上，分離復合物和非結合的探針。DNA-復合物或RNA-復合物比非結合的探針移動得慢。同位素標記的探針依研究的結合蛋白的不同，可是雙鏈或者是單鏈。當檢測如轉錄調控因子一類的DNA結合蛋白，可用純化蛋白，部分純化蛋白，或核細胞抽提液。在檢測RNA結合蛋白時，依據目的RNA結合蛋白的位置，可用純化或部分純化的蛋白，也可用核或胞質細胞抽提液。競爭實驗中采用含蛋白結合序列的DNA或RNA片段和寡核苷酸片段（特異），和其它非相關的片段（非特異），來確定DNA或RNA結合蛋白的特異性。在競爭的特異和非特異片段的存在下，依據復合物的特點和強度來確定特異結合。

Lane 1 2 3 4 EBNA Extract - + + + Unlabeled EBNA DNA - - + - Unlabeled Oct-1 DNA - - - +

Figure . EMSA results using the EBNA control system. Biotin-labeled 60 bp duplex bearing the EBNA-1 binding sequence was incubated with an extract in which the EBNA-1 protein was overexpressed. The binding buffer was supplemented with 50 ng/μl poly(dI?dC), 10% glycerol and 0.05% NP-40. Exposure time was 30 seconds with X-ray film