主要區別在：
1、原子化器不同
火焰原子化器：由噴霧器、預混合室、燃燒器三部分組成。特點：操作簡便、重現性好。
石墨爐原子器：是一類將試樣放置在石墨管壁、石墨平臺、碳棒盛樣小孔或石墨坩堝內用電加熱至高溫實現原子化的系統。其中管式石墨爐是最常用的原子化器。
原子化程序分為干燥、灰化、原子化、高溫凈化 。
原子化效率高：在可調的高溫下試樣利用率達100% 。
靈敏度高：其檢測限達10-6~10-14。
試樣用量少：適合難熔元素的測定。
2、操作條件的選擇
火焰燃燒器操作條件的選擇（試液提升量、火焰類型、燃燒器的高度）。
石墨爐最佳操作條件的選擇（惰性氣體最佳原子化溫度）。
3、精確度
火焰原子吸收光譜法可測到10-9g/ml數量級。
石墨爐原子吸收法可測到10-13g/ml數量級。
4、火焰原子吸收除了其優異的性能之外更添加了在線稀釋裝置和可切換的真實單,雙光路光學系統。
石墨爐原子吸收光譜儀采用橫向加熱石墨管,加熱速度可高達3800K/秒, 可設置多達30個加熱步驟以適合各種應用。