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omg OMx 播客 | 布魯克生命科學(xué)質(zhì)譜部總裁 Rohan A. Thakur

2023.6.13

布魯克 omg OMx 播客

布魯克生命科學(xué)質(zhì)譜成像高級(jí)市場(chǎng)經(jīng)理Kate Stumpo博士與布魯克生命科學(xué)質(zhì)譜部總裁Rohan A. Thakur博士進(jìn)行了深入地交流，從布魯克生命科學(xué)質(zhì)譜的創(chuàng)新方法入手，了解布魯克如何利用其發(fā)展勢(shì)頭并抓住該領(lǐng)域的新機(jī)遇，探索正在徹底改變質(zhì)譜未來的開創(chuàng)性解決方案。

以下我們重溫本集的關(guān)鍵亮點(diǎn)，并且您可按需觀看整集???。

問：作為磁共振質(zhì)譜（MRMS）領(lǐng)域的主導(dǎo)者，捕集離子淌度（TIMS）技術(shù)的引入怎樣改變了布魯克在質(zhì)譜市場(chǎng)的地位?

這一切都始于一項(xiàng)顛覆性技術(shù)，我們相信，它可以撼動(dòng)蛋白質(zhì)組學(xué)市場(chǎng)并與現(xiàn)有技術(shù)相競(jìng)爭(zhēng)。

我們的團(tuán)隊(duì)看到了捕集離子淌度（TIMS）技術(shù)的潛力。我們知道它會(huì)撼動(dòng)蛋白質(zhì)組學(xué)市場(chǎng)，并與現(xiàn)有的技術(shù)競(jìng)爭(zhēng)。詳細(xì)來說，在蛋白質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域，大多數(shù)液相色譜的運(yùn)行需要很長(zhǎng)時(shí)間——平均需要大約2個(gè)小時(shí)。但是，通過使用timsTOF及平行累積連續(xù)碎裂技術(shù)（PASEF），可以在短短20分鐘內(nèi)獲得相同數(shù)量的信息！它絕對(duì)是游戲規(guī)則的改變者。

我們一旦擁有單日處理大量樣本的速度，我們就需要通過軟件來將這些數(shù)據(jù)文件轉(zhuǎn)換為可操作的信息。這就是需要引入PaSER（一款擁有強(qiáng)大數(shù)據(jù)處理功能的蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)搜索引擎）的時(shí)候?，F(xiàn)在，布魯克第一次在硬件上有了創(chuàng)新，能夠在數(shù)據(jù)采集結(jié)束后立即向用戶提供結(jié)果信息。單日樣本分析數(shù)量的快速增加以及運(yùn)行結(jié)束后可得到分析結(jié)果，這兩件事加在一起，就形成了一個(gè)真正突破性的創(chuàng)新。而在此之前，該領(lǐng)域已經(jīng)停滯發(fā)展了15年左右。

問：布魯克對(duì)血漿蛋白質(zhì)組學(xué)的最新突破有何貢獻(xiàn)？

由于腫瘤分泌產(chǎn)物存在于血漿中，血漿蛋白質(zhì)組學(xué)也是布魯克關(guān)注的重點(diǎn)。這也是布魯克投資PreOmics（一家樣品制備公司）的原因。并且，布魯克目前擁有一款可以快速處理樣品的產(chǎn)品。在血漿蛋白質(zhì)組學(xué)的一些應(yīng)用中，能夠在短短5分鐘內(nèi)觀測(cè)200-300種蛋白質(zhì)的變化，這令人印象深刻。尤其是在研究或臨床環(huán)境中，當(dāng)你想要快速處理和分析數(shù)據(jù)時(shí)，不可能等待幾個(gè)星期來獲得結(jié)果。TIMS技術(shù)、結(jié)合PASEF技術(shù)帶來的速度與PaSER軟件的組合，使我們每天都能處理大量樣本并獲得信息，并得出可用于做決策的信息，或作為輔助測(cè)試提供建議。我們也有一些令人印象深刻的用戶，比如牛津大學(xué)的Roman Fisher博士、哥本哈根大學(xué)的Matthias Mann和拉德布大學(xué)的Alain Van Gool。對(duì)于布魯克在血漿蛋白質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域產(chǎn)生的一系列影響，我感到非常激動(dòng)，同時(shí)我們也很自豪能成為其中的一部分。

問：當(dāng)處于領(lǐng)域科學(xué)進(jìn)步的前沿地位時(shí)，合作的重要性是什么？布魯克成為這些突破的一部分，感覺如何?

布魯克專注傾聽并與該領(lǐng)域的專家密切合作，這是團(tuán)隊(duì)的努力。這些早期的使用者會(huì)指導(dǎo)我們這項(xiàng)技術(shù)的應(yīng)用方向。我們擁有可以提供幫助的技術(shù)，但現(xiàn)在的問題是：這項(xiàng)技術(shù)的生物學(xué)意義是什么?這些早期使用者和關(guān)鍵意見領(lǐng)袖（KOLs）是行業(yè)前沿的真正開拓者。一方面，我們?cè)谶@里支持他們的工作，助力解決腫瘤和生物學(xué)中的復(fù)雜問題。另一個(gè)方面，他們的反饋幫助我們?cè)O(shè)計(jì)滿足他們特定需求的儀器和技術(shù)。最終，我們的目標(biāo)是加強(qiáng)他們的工作，并在該領(lǐng)域產(chǎn)生有意義的影響。

圖：人細(xì)胞系K562胰蛋白酶消化物鑒定結(jié)果（nanoElute系統(tǒng)結(jié)合timsTOF HT在dia-PASEF^?模式下，使用Aurora色譜柱（25cm，75μm ID，IonOpticks)，以250 nL/min的流速和60分鐘梯度進(jìn)行分析），使用TIMS DIA-NN進(jìn)行處理數(shù)據(jù)（uniprot人源注釋數(shù)據(jù)庫）。圖片來源：布魯克生命科學(xué)質(zhì)譜

問：在了解這項(xiàng)技術(shù)的潛在應(yīng)用時(shí)，您個(gè)人是否有過驚嘆的時(shí)刻？

對(duì)我來說最酷的時(shí)刻之一，是我的一位好朋友Roman Fisher給我發(fā)了一張照片，這張照片上96孔板一直堆疊到timsTOF的頂部，他說：“看，Rohan，這是你的產(chǎn)品對(duì)我們?nèi)粘Ｉ町a(chǎn)生的影響?！?在那一刻，我想，“哇，我們真的做到了！”這是第一次他不用清洗質(zhì)譜儀就能處理5000-6000個(gè)樣本。這對(duì)我們來說是一個(gè)巨大的成就?？吹竭@張照片，我知道我們已經(jīng)設(shè)計(jì)了一個(gè)強(qiáng)大的可以處理這種工作量的質(zhì)譜儀，這真的很令人興奮。對(duì)我來說，這絕對(duì)是一個(gè)“omg”時(shí)刻。

問：您對(duì)布魯克空間蛋白質(zhì)組學(xué)和多組學(xué)的快速發(fā)展和成功有何看法？

我們的KOL之一Matthias Mann，他幫助我們實(shí)現(xiàn)了突破。Matthias和他的團(tuán)隊(duì)正在使用深度視覺蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)評(píng)估并區(qū)分腫瘤異質(zhì)性。他們使用激光捕獲顯微切割技術(shù)（LCM）來更仔細(xì)地觀察腫瘤微環(huán)境中的單個(gè)細(xì)胞。就MALDI成像技術(shù)中是否使用標(biāo)記的問題，我們內(nèi)部都有一些爭(zhēng)議，最后是與AmberGen的合作幫助我們做出了決定。現(xiàn)在，布魯克有一種強(qiáng)大的技術(shù)，唯一的問題是我們是否能用MALDI方法達(dá)到LCMS的高靈敏度從而實(shí)現(xiàn)追蹤蛋白質(zhì)的目的。我很高興我們能夠?yàn)榭蛻籼峁﹥扇涿赖姆?wù)：不僅可以觀察單個(gè)細(xì)胞內(nèi)的蛋白質(zhì)，還可以把這兩種技術(shù)結(jié)合起來，從而讓用戶受益。我們的客戶長(zhǎng)期要求如此，我也相信在這樣美好的時(shí)代，我們可以做到這一點(diǎn)。對(duì)于這次合作的結(jié)果，我非常期待！

問：在這個(gè)領(lǐng)域，有沒有科學(xué)家或研究人員是您欽佩但是還沒有機(jī)會(huì)見面的？如果你愿意的話，可否告知您的“怦然心動(dòng)人選”，也就是科學(xué)領(lǐng)域您尊敬并認(rèn)為會(huì)對(duì)科學(xué)未來產(chǎn)生重大影響的人？

我已經(jīng)是這個(gè)領(lǐng)域的老人了，所以很榮幸見到了一些大人物，并有機(jī)會(huì)向他們學(xué)習(xí)，比如John Yates、Matthias Mann和Albert Heck。到目前為止，這是一個(gè)非常充實(shí)的職業(yè)生涯。但最近什么最讓我興奮呢？是在質(zhì)譜分析和臨床實(shí)踐建立一座橋梁的新想法。我非常想傾聽腫瘤學(xué)家的意見，并真正了解怎樣才能像基因組學(xué)一樣，使質(zhì)譜分析成為臨床的常規(guī)工具。如果我們能做到這一點(diǎn)，將改變整個(gè)游戲規(guī)則。

圖：使用microGRID技術(shù)以5mm橫向空間分辨率對(duì)小鼠腎臟進(jìn)行MALDI成像。圖片來源：布魯克生命科學(xué)質(zhì)譜

關(guān)于布魯克生命科學(xué)質(zhì)譜總裁Rohan Thakur

布魯克生命科學(xué)質(zhì)譜總裁Rohan Thakur博士于2010年加入布魯克，擔(dān)任加利福尼亞州弗里蒙特CAM 質(zhì)譜團(tuán)隊(duì)的總經(jīng)理，并在上任五年內(nèi)晉升為四極桿業(yè)務(wù)副總裁和高級(jí)副總裁。他在質(zhì)譜領(lǐng)域擁有超過20年的經(jīng)驗(yàn)，包括14年的應(yīng)用和質(zhì)譜開發(fā)經(jīng)驗(yàn)，同時(shí)也是質(zhì)譜領(lǐng)域多項(xiàng)專利的擁有者。在他的職業(yè)生涯中，他曾經(jīng)擔(dān)任賽默飛質(zhì)譜解決方案全球營銷總監(jiān)。在加入Bruker之前，他曾在一家制藥CRO擔(dān)任藥物發(fā)現(xiàn)總監(jiān)兩年。他在堪薩斯州立大學(xué)獲得化學(xué)博士學(xué)位，在羅格斯大學(xué)做博士后研究，工作涉及使用高分辨率質(zhì)譜分析證明開環(huán)苯代謝物-DNA和蛋白質(zhì)加合物的形成。

生命科學(xué)總裁布魯克質(zhì)譜部

布魯克質(zhì)譜

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