T-RFLP中文可翻譯為：末端限制性片段長度多樣性，又可以稱為16sRNA基因的末端限制性片段分析技術。是一種新興的研究微生物多態性的分子生物學方法，日亦受到研究人員的重視。該技術已經成功應用于各種微生物群落的分析比較、研究微生物群落多樣性及結構特征等多方面。

T-RFLP的技術原理是根據的保守區設計通用引物，其中一個引物的5‘末端用熒光物質標記，常用熒光物質有HEX,TET,6-FAM等。提取待分析樣的中DNA，以他為模板進行PCR擴張，所得到的PCR產物的一段就帶有這種熒光標記，然后PCR產物有合適的限制性內切酶進行消化，一般選用酶切位點為4bp的限制性內切酶。由于在不同細菌的擴增片段內存在核苷酸序列的差異，酶切位點就會存在差異，酶切后就會產生很多不同長度的限制性片段。消化產物用自動測序儀進行測定，只有末端帶有熒光性標記的片段能被檢測到。因為不同長度的末端限制性片段必然代表不同的細菌，通過檢測這些末端標記的片段就可以反應微生物群落組成情況。

這種方法還可以進行定量分析，在基因掃描圖譜上，每個峰面積占總峰面積的百分數代表這個末端限制性片段的相對數量，即末端限制性片段的數量越大其所對應的面積越大。